V 90. letech minulého století se KNAV ocitla v prostorových nesnázích. V rámci restitucí byly uplatněny nároky na jeden z dislokovaných skladů v zámku v Jirnech, kde byla uložena část vlastních fondů a rovněž méně využívané knihy a časopisy z některých ústavů Akademie věd. Vedení akademie dále rozhodlo o přidělení nových prostor v Jenštejně, kde tehdy sídlila Správa zásobování, dříve Správa účelových zařízení ČSAV. Prostory zakoupila ČSAV roce 1970 v celkově dezolátním stavu od JZD (vzniklého v r. 1950 po znárodnění). Později v sedmdesátých letech byly ještě přikoupeny pozemky, tzv. „Hálovo“, „Strachovo“ a „K Medřickým“. Jednalo se o uzavřený rozsáhlý areál s rozmanitými typy budov a staveb, ve kterých byl umístěn hutní materiál, elektro, nářadí, pneumatiky, stavební materiál, nábytek, kancelářské potřeby, úklidové prostředky, pohonné hmoty aj., často včetně odpadu. Toto zařízení fungovalo pro všechny ústavy tehdejší ČSAV.
Areál převzala KNAV 1. září 1995 s představou, že v hlavní budově skladu bude dost místa pro rychlé umístění regálů a knih, a s odvážnou myšlenkou, že v budoucnu zde vznikne postupně centrální depozitář pro potřeby všech knihoven AV ČR. Realita však byla složitější. Projektové práce byly zkomplikovány skutečností, že skladová budova nevyhovovala zatížení předepsanému pro umístění knih, a bylo nezbytné začít podezdíváním základů a současně ještě zvýšit zpevnění obvodových zdí vestavbou kovové konstrukce. Tyto práce byly ukončeny v roce 1997 a poté bylo možné začít s postupným vybavováním pevnými i posuvnými regály a s přesuny knih.
Situace se současně měnila i v hlavní budově na Národní třídě. Nadcházející rekonstrukce dosavadního skladu ve dvoraně a rekonstrukce historických prostor na otevřenou studovnu vyžadovaly rychlé kompletní vyklizení pro stavební a restaurátorské práce a depozitář v Jenštejně se začal rychle naplňovat a také prostorově nepostačovat. Hlavní skladová budova byla rozšířena v roce 2001 podélnou přístavbou, v roce 2003 pak přibyla příčná přístavba směrem k hlavnímu vjezdu. V letech 2004 až 2005 proběhla demolice rozpadlé stodoly a na jejím pozemku vyrostl depozitář A. V roce 2007 byla dokončena výstavba depozitáře B, který byl v roce 2008 rozšířen kolmou přístavbou objektu C. Současně probíhala projektová příprava přestavby stávající stodoly na objekt D, který byl zkolaudován v říjnu 2009.
KNAV se postupně mohla zbavit nebo opustit dosavadní roztroušená úložiště ve Svatém poli, v Ondřejově, v Papírenské ulici v Praze 6 a v prostorách budovy ÚSMH AVČR v Praze 8.
Stavby byly navrženy s respektem k požadavkům obce i schvalujícím orgánům, což vyplývalo z historického významu obce; depozitáře zvnějšku připomínají sýpky či stodoly. Tím byl dosažen (současný) rozsah zhruba 40 km regálů pro uložení knih a časopisů pro KNAV i zájemce z ústavů AV ČR, případně externích. KNAV počítá s dalším rozšiřováním skladových prostor. V průběhu let byla postupně přizpůsobena budova, kde bývalo sociální zařízení pro zaměstnance, kterých bývalo ve Správě zásobování až 14, tedy šatny a sprchy, na ubytování pro zaměstnance, a stejně tak domek č. 25, kde měli dříve pracovní prostory zaměstnanci Správy, stísněni v naprosto nevhodných vlhkých a studených místnostech bez vody, byl rekonstruován k bydlení. Z bývalých zaměstnanců zůstala pro KNAV pracovat dnes jediná pamětnice dobře znalá průběhu všech změn, paní Jiřina Koberová.
Zlomový okamžik v historii depozitáře i pro celou KNAV přišel s povodněmi v roce 2002.
KNAV, přestože umístění hlavní budovy si o zaplavení Vltavou přímo říkalo, zůstala beze škod, proto měla čas a také prostory pro pomoc ostatním knihovnám. Pracovníci KNAV, ochotníci, pomáhali tam, kde bylo třeba, se zachraňováním knih z bahna a tříděním toho, co bylo zachranitelné. KNAV ve svém jenštejnském areálu velmi rychle vybudovala sušicí linku a následnou desinfekci knih. Tento způsob záchrany byl vhodný pro běžné knihy, které po vysušení bylo možné ještě opravit v knihárně. Zasažené knihy byly ukládány nejprve v mrazírnách a postupně byly dováženy do Jenštejna k rozmrazení, sušení, desinfekci a případně k opravám. Tato akce probíhala ve čtrnáctidenních cyklech a trvala přesně jeden rok, na nádvoří a v prostorách bývalého skladového objektu „Tesco“, dnešní Digitalizace, a v plechové budově „Jeseník“.
V té době, zhruba od roku 2004, se začínala v KNAV rozvíjet digitalizace, prvotně za účelem zachování obsahu poškozených dokumentů, jak bylo ostatně v souladu s trendem nejen v oblasti knihoven. První knižní skener byl umístěn v hlavní skladové budově, následně bylo třeba naskenované materiály evidovat a dále s daty pracovat. Postupně vzniklo v KNAV další oddělení s novou problematikou, přibývaly novější a výkonné přístroje a lidé s kvalifikací pro tuto agendu, prostorově na úkor úložných regálů. V roce 2017 byla zahájena stavba nové budovy, která byla navržena tak, aby byla vhodná právě pro Digitalizační centrum. Stavba byla dokončena na konci roku 2018 na místě bývalé budovy Tesco.
Jenštejn je obec, která bývala méně známá – nejspíše jen léčitelem Janem Mikoláškem, který v Jenštejně žil a léčil, případně zříceninou hradu. Po roce 1945 byl dokonce připravován plán na zánik obce a zřízení skládky. Zřícenina hradu se tehdy nezdála zajímavá. Autobus býval dostupný ještě ke konci 90. let nejblíže 2 km na zastávce ve Vinoři.
Dnes už má Jenštejn více než 1500 obyvatel, poté, kdy vyrostlo „sídliště“ Nový Jenštejn a rodinné domky Za humny.
Hrad Jenštejn, tedy jeho zřícenina, je kulturní památkou středověké architektury. Byl založen ve 14. století arcibiskupem Janem z Jenštejna. Zřícenina, zbytek původní stavby, prošel v posledních letech důkladnou rekonstrukcí a stává se přitažlivým místem pro výlety. Hrad má svoji kastelánku paní Alenu Krčálovou, která se velmi intenzivně stará, aby hrad žil, průběžně zde organizuje zajímavé kulturní programy.
V těsném sousedství areálu má svůj prostor v budově OÚ místní knihovna, která je v úředních hodinách i vlídným místem pro setkání. O knihovní fond i o dětské a dospělé čtenáře pečuje paní knihovnice Helena Jirásková.
Jenštejn měl dlouhodobě svého kronikáře, pana Václava Kovandu, který řadu let pro depozitář KNAV také částečně pracoval (mimo jiné udržoval malou vinici, tvořící část oplocení areálu) a po léta pečlivě zaznamenával každou událost v obci. Kroniky jsou nyní zdigitalizované a dostupné zde. Funkce kronikářky se v poslední době ujala paní Petra Brandejsová.
Kulturní a sportovní akce pořádají společně či střídavě Obecní úřad, Sbor dobrovolných hasičů, Sportovci Jenštejn i nadšení jedinci – dobrovolníci. Jenštejn je v současnosti místo zajímavé k práci i k životu.
Zpracovala Ivana Laiblová Kadlecová za spolupráce s Jiřinou Koberovou, Miroslavem Krausem a Magdalénou Veckovou.